2023 – APPLICAZIONE DI IR BIOTYPER CON SPETTROSCOPIA A INFRAROSSI A TRASFORMATA DI FOURIER (FTIR) PER LA TIPIZZAZIONE DI ACTINOBACILLUS PLEUROPNEUMONIAE
Parole chiave: actinobacillosi; machine learning; pleuropolmonite suina
Actinobacillus pleuropneumoniae (APP) è l’agente eziologico della pleuropolmonite suina.
Ad oggi sono stati descritti almeno 19 sierotipi che possono essere distinti tramite tecniche biomolecolari con costi relativamente elevati. La spettroscopia ad infrarossi a trasformata di Fourier (FTIRS) è stata recentemente utilizzata per identificare batteri a livello di specie e sierogruppo/sierotipo, dimostrandosi uno strumento diagnostico pratico, e garantendo risultati rapidi con dei costi contenuti. L’obiettivo principale di questo studio è quello di valutare l’efficacia dell’IR Biotyper (IRBT, Bruker Daltonics GmbH & Co. KG) nella tipizzazione dei diversi sierotipi di APP, utilizzando un panel di 90 isolati batterici raccolti da suini di allevamenti piemontesi.
Il campionamento è avvenuto presso IZSPLV attraverso coltura batterica in agar sangue da polmoni con lesioni compatibili con pleuropolmonite suina. Le colonie sono state identificate con spettrometria di massa MALDI-TOF, e poi analizzate con IR Biotyper. Sono state effettuate analisi delle componenti principali (PCA) e discriminanti lineari (LDA) utilizzando tutto il dataset di isolati batterici. All’analisi multivariata, PCA e LDA hanno mostrato un buon livello di clusterizzazione con chiara distinzione di 7 sierotipi di APP (2,5,6,7,12,13,14).
Inoltre, è risultato chiara anche la distinzione tra APP e non-APP (A. suis, A. lignieresii, A. rossii). I risultati presentati in questo studio rappresentano un’ottima base di partenza per sviluppare un classificatore si sierotipi di APP.
